Muzej je nomiran i nagrađivan na više razina
- Zahvalnica Grada Virovitica za kontinuirani muzejski rad i promicanje stručne djelatnosti (2012.)
- Hrvatsko muzejsko društvo za najbolje realizirani stalni postav (2020.)
- Virovitičko – podravska županija Zahvalnica za promicanje muzejskih djelatnosti (2022.)
- Zlatna plaketa Grada Virovitice za izniman doprinos u razvoju muzejske djelatnosti na međunarodnoj razini (2022.)
- Nominacija Europskog muzejskog foruma za najbolji europski muzej – EMYA 2022.
- Nagrada Forum of Slavic Cultures – ŽIVA 2022. za najbolji slavenski muzej.
- Nominacija Europske muzejske akademije za najbolji europski muzej – EMA 2023.
- Godišnja nagrada u kategoriji marketinško-propagandni program za novi vizualni identitet muzeja, Hrvatskog muzejskog društva (2024.)
